Krzysztof Urbaniak jest absolwentem uczelni muzycznych w Warszawie (studia magisterskie) i Stuttgarcie (KA oraz Konzertexamen) w klasach organów i klawesynu Józefa Serafina, Leszka Kędrackiego, Ludgera Lohmanna i Jörga Halubka. W Akademii Muzycznej im. Grażyny i Kiejstuta Bacewiczów w Łodzi pracuje na stanowisku profesora w klasie organów. Pracuje ponadto w Katedrze Organów Akademii Muzycznej w Krakowie.
Jako wykładowca prowadził kursy mistrzowskie m.in. na zaproszenie uczelni muzycznych w Helsinkach, Lubece, Trieście i Budapeszcie. Zdobył liczne nagrody na międzynarodowych konkursach organowych, były to między innymi: I nagroda – Międzynarodowy Konkurs Organowy im. Arpa Schnitgera (Brema, 2010), I nagroda – Międzynarodowy Konkurs Organowy im. Willema Hermansa (Pistoia, 2009), II nagroda – Międzynarodowy Konkurs Organowy im. Franza Schmidta (Kitzbühel, 2006), II nagroda – Międzynarodowy Konkurs Organowy im. Petra Ebena (Opava, 2004), I nagroda – V Konkurs Polskiej Muzyki Organowej (Legnica, 2002).
Juror międzynarodowych konkursów organowych, m.in. Internationaler Gottfried-Silbermann-Wettbewerb – 2017, International Schnitger Organ Competition – 2015 i 2019, Internationaler Buxtehude-Orgelwettbewerb 2022, Musahisho Organ Competition 2023).
Koncertuje na całym świecie, wykonując co roku kilkadziesiąt solowych recitali. Ma na swoim koncie publikacje sześciu solowych płyt CD dla wydawnictw polskich, niemieckich i niderlandzkich, a jego nagrania nominowane były m.in. do Preis der Deutschen Schallplattenkritik. W latach 2013-2016 pełnił funkcję artysty w rezydencji Filharmonii Łódzkiej im. Artura Rubinsteina.
W latach 2013-2016 pełnił funkcję rzeczoznawcy do spraw zabytkowych organów przy Ministerstwie Kultury i Dziedzictwa Narodowego Rzeczpospolitej Polskiej, a w kadencji 2021-2024 pełni podobną funkcję przy Ministerstwie Kultury, Dziedzictwa Narodowego i Sportu Rzeczpospolitej Polskiej.
Autor kilkudziesięciu publikacji z zakresu wykonawstwa muzyki organowej oraz organologii.
Jest ponadto dyrektorem artystycznym Międzynarodowego Festiwalu Muzyki Organowej i Kameralnej w Pasłęku, Międzynarodowych Dni Muzyki Organowej w Olkuszu oraz kuratorem organów Filharmonii Łódzkiej im. Artura Rubinsteina.